Programme

En cours de construction

Orateurs confirmés :

- Session 1 (Séquençage et assemblage des génomes en 2022) : Yann Guiguen (INRAE), Jean-Marc Aury (CEA), Christophe Klopp (INRAE)

- Session 2 (Génotypage en 2022 : le point sur les SNPs) : Véronique Jorge (INRAE), Mekki Boussaha (INRAE), Jonathan Kreplak (INRAE)

- Session 3 (Génotypage en 2022 : au-delà du SNP) : Clovis Pawula (INRAE), Thomas Faraut (INRAE)

- Session 4 (Epigénétique) : Frédérique Pitel (INRAE), Jean-Marc Celton (INRAE), Stéphane Maury (Université d'Orléans)

- Session 5 (Métagénomique) : Alain Franc (INRAE), Amaury Bignaud (Institut Pasteur)

- Session 6 (Applications génomiques "out-of-the-box") : Harold Durufle (INRAE), Carlos Lopez Vaamonde (INRAE), Didac Barroso-Bergada (INRAE)

 

Programme prévisionnel (horaires susceptibles d'être modifiés)

Lundi 16 mai 2022 :

13h30Accueil des participants
13h45Acceuil / présentation du Centre INRAE Val-de-Loire
14h15Présentation INRAE Genomics
14h45Actualités des 4 Plateformes / faits marquants
16h00Pause - Hotel Mercure
Session 1Séquençage et assemblage des génomes en 2022

16H30

 

 

 

4 slots de 20mn chacun :

- Yann Guiguen "Les génomes polyploïdes d'esturgeons : séquencage, assemblage, sexe et recherche de polymorphisme"

- Jean-Marc Aury "Sequencing, assembly and analysis of eukaryotic genomes using long-reads"

- Christophe Klopp "Résultats d'assemblage du projet SeqOccin"

17h50Table ronde / Discussion
18h15Infos logistique + pause
20h diner festif - Hotel Mercure

 

 

Mardi 17 mai 2022 :

Session 2Génotypage en 2022 : le point sur les SNPs

8h10

 

 

 

 

5 slots de 20mn chacun :

- Véronique Jorge "Développement d'un outil de génotypage SNP chez les espèces forestières : les bénéfices d'une mutualisation"

- Mekki Boussaha "Recherche de mutations nouvelles chez les bovins par reséquençage systématique"

- Jonathan Kreplak "Allegro targeted genotyping, an efficient system for population genomics in Lentil"

9H50Table ronde / Discussion
10h20Pause- Hotel Mercure
Session 3Génotypage en 2022 : au delà du SNP

10h45

 

 

4 slots de 20mn chacun :

- Clovis Pawula ¨Génotypage de microsatellites par séquençage chez les polyploïdes : Évaluation d’un jeu de marqueurs conçu pour le genre Rosa"

- Thomas Faraut "Les variations de structure à la lumière des longues lectures"

12h05Table ronde / Discussion
12H30 repas à l'hotel Mercure
Session 4Epigénétique

14h

 

 

 

 

5 slots de 20mn chacun :

- Stephane Maury "De l'épigénétique à l'épigénomique : retour d'expérience et perspectives chez les plantes"

- Frédérique Pitel "Avancées et perspectives ouvertes en épigénétique animale grâce à SeqOccIn"

- Jean-Marc Celton "Epigenetic and physiological adaptative responses of apple seedlings to drought stress"

15h40Table ronde / Discussion
16h00Pause et deplacement sur site Orléans
17hVisite site Orléans : pépinière + LICA
19hapéritif festif sur site Orléans
20h30 Repas à l'hotel Mercure

 

 

Mercredi 18 mai 2022 :

Session 5Metagénomique

9h00

 

4 slots de 20mn chacun :

- Alain Franc "Apprentissage des OTUs en metabarcoding sur un tableau de distances : opportunités grâce au calcul intensif"

- Amaury Bignaud "Contact Genomic, an alternative use of Hi-C data for (Meta)genomes annotations and scaffolding"

10h20Table ronde / Discussion
10h40Pause
Session 6Applications génomiques "out-of-the-box"

11h10

 

 

 

3 slots de 20mn chacun :

- Harold Duruflé "A systems biology approach to better understand the genetic determinism of complex poplar phenotypes for breeding purposes"

- Didac Barroso-Bergada "Biomonitoring and the inference of microbial interactions"

- Carlos Lopez Vaamonde "Biosurveillance et suivis des insectes avec les codes-barres ADN"

12h10Table ronde / Discussion
12h45Clôture