La Plateforme Génome Transcriptome de Bordeaux (PGTB) est une structure académique spécialisée en séquençage et en génotypage. Elle est ouverte à l'ensemble de la communauté scientifique académique (INRAE, CNRS, INSERM, Universités...) et aux acteurs industriels. La PGTB fait partie du réseau France Génomique qui regroupe les principales plateformes de génomique au niveau national. Elle est membre de l'Infrastructure de Recherche INRAE Genomics et de la Fédération des Plateformes Labellisées de l'Université de Bordeaux. Elle elle également labellisée Plateforme stratégique par l’INRAE (CNOC) et le GIS-IBISA.

La PGTB développe et propose des services faisant appel à des technologies de pointes moyen et haut débit reposant sur le séquençage (séquençage de courts et longs fragments d’ADN, reséquençage, métagénomique ciblée, séquençage de génomes et de transcriptomes, métagénomique totale et métatranscriptomique, capture de gènes, ...), la recherche et le génotypage de mutations (SNP et microsatellites), la quantification de l’expression de gènes et l’analyse d'ADN environnemental, sensible ou ancien en laboratoire confiné. Ces services sont proposés aux utilisateurs avec trois niveaux de support : (1) la mise à disposition des équipements, (2) l’assistance technique et la formation des utilisateurs ou (3) la prestation ou la collaboration où nous réalisons les expériences et/ou les analyses.

Les domaines d'expertise de la PGTB

• Génotypage SNP / INDEL par spectrométrie de masse sur Mass Array System (Agena Biosciences)
• Séquençage long-reads Oxford Nanopore Technologies sur GridION
• Métagénomique et métatranscriptomique sur séquenceur Illumina NextSeq2000
• DNAseq et RNAseq sur séquenceurs Illumina MiSeq et NextSeq2000
• Capture Agilent SureSelect sur ADN et ADN methylé
• Métagénomique ciblée sur séquenceur Illumina MiSeq
• Développement et génotypage de marqueurs microsatellites par séquençage Illumina
• Quantification absolue par digital droplet PCR QX200 (Bio-Rad)